Generade op London Calling 2017

Op 4 en 5 mei organiseerde Oxford Nanopore Technologies voor de derde keer het congres London Calling, dat volledig in het teken staat van de nanopore-sequencingtechnologie en de toepassingen hiervan. Onder de 400 aanwezigen waren ook vier onderzoekers van Generade: Floyd Wittink, Roel Schelland, Hilda van Mourik en Christiaan Henkel. Daarnaast waren er vertegenwoordigers van Generade-partners BaseClear en het LUMC.

Generade loopt in Nederland voorop bij het gebruik van de nanoporetechnologie. Floyd en Christiaan leiden het Generade PoreLab, waarin zij met zestien bedrijven werken aan het gebruiken van de Oxford Nanopore MinION voor concrete toepassingen. Roel Schelland kreeg recent een subsidie voor het opzetten van een MinION Hackathon, die dit najaar studenten zelf de mogelijkheden van de MinION gaat laten ontdekken. En last but not least gaan Hilda en Christiaan deze zomer beginnen met het sequencen van het genoom van de tulp.

Het nanopore-sequencen ontwikkeld zich razendsnel. Waar vorige edities van London Calling vooral draaiden om toekomstige mogelijkheden, ging het dit jaar plotseling ook over de toepassingen die nu al mogelijk zijn. Voor microbieel genoomsequencen en metagenomics blijkt de MinION al volledig inzetbaar, en er wordt hard aan gewerkt om de MinION geschikt te maken voor klinische diagnostiek.

Toch was er ook weer veel ruimte voor spannende nieuwe ontwikkelingen en vergezichten. Zo kan de MinION nu RNA sequencen – iets wat tot nu toe met geen enkele technologie mogelijk was. Ook kunnen we nu (hele) grote genomen gaan sequencen. Christiaan was uitgenodigd om zijn resultaten met het palinggenoom te presenteren, en om het tulpenproject aan te kondigen.

Oxford Nanopore heeft een uitgebreide samenvatting van het congres geschreven:

https://nanoporetech.com/about-us/news/london-calling-2017-day-1-updates

https://nanoporetech.com/about-us/news/london-calling-2017-day-2-updates

Science publiceerde ook een kort verslag (met een paar citaten van Christiaan):

http://science.sciencemag.org/content/356/6338/572